I numerosi ritrovamenti archeologici, sia nel territorio comunale di Villamaina che nelle aree circostanti, suggeriscono che l'origine di questo centro sia molto antica, come confermato anche dalla sua vicinanza alla storica Via Appia. Già in epoca normanna, Villamaina faceva parte della Baronia di Frigento, divenendo poi un feudo governato inizialmente dai Gesualdo e, successivamente, dai Caracciolo. Quest’ultima famiglia mantenne il controllo fino all'abolizione della feudalità nel 1806, detenendo i titoli di "baroni" e "duchi di San Teodoro". Nel corso della sua storia, la comunità di Villamaina fu colpita da eventi tragici, come l’epidemia di peste del 1656, che ridusse drasticamente la popolazione locale, e il terremoto del 23 novembre 1980, che causò significativi danni agli edifici. Oggi il paese presenta un aspetto prevalentemente moderno, pur mantenendo tracce della sua lunga storia.