Le prime attestazioni su Petruro Irpino risalgono al XIII secolo, quando il territorio odierno era un casale di Montefusco. Durante il periodo angioino, passò sotto il controllo di Giovanni Mentella, seguito, nei secoli successivi, da diverse famiglie nobili, tra cui i D'Afflitto, i Marano e, infine, i Bonito. Quest'ultima famiglia mantenne il feudo fino all’abolizione della feudalità nel 1806, con Domenico Bonito come ultimo marchese. Tra il 1927 e il 1944, Petruro Irpino perse temporaneamente la sua autonomia comunale, recuperandola dopo l’arrivo delle forze alleate in Italia durante la Seconda Guerra Mondiale. Nel 1950, la denominazione ufficiale del comune divenne "Petruro Irpino" per differenziarsi da altri comuni con nomi simili.