Durante gli scavi condotti tra il 1950 e il 1951 nel piazzale antistante la Basilica, sono stati rinvenuti i resti di due chiese, in particolare le loro parti inferiori. Una di queste conteneva al suo interno l’altra, suggerendo che la chiesa più antica sia stata demolita per fare spazio a una nuova costruzione. La struttura della chiesetta più antica è molto simile a quella degli edifici longobardi di Benevento risalenti a prima dell'VIII secolo, consentendone una datazione a quel periodo. Si ipotizza che l’attuale Basilica sia stata edificata al posto della chiesetta, probabilmente crollata a causa di un terremoto, all'interno di uno spazio in parte già scavato nella roccia tufacea. Nel corso dei secoli, alcune parti della Basilica sono state ricostruite o sottoposte a ristrutturazione.